拖欠三年农民工资可申请劳动仲裁。依据《劳动争议调解仲裁法》，劳动仲裁不受时效限制，但应及时处理，否则可能影响农民工的合法权益，如工资损失、生活困难等。
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拖欠农民工资常见处理方式为劳动仲裁或法院起诉。选择时，若希望快速解决且双方有调解可能，可选劳动仲裁；若希望直接通过法律手段解决，则选法院起诉。
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可申请劳动仲裁。操作如下：1. 准备证据，如工资条、工作记录等；2. 向当地劳动争议仲裁部门提交仲裁申请；3. 等待劳动仲裁委员会在五日内决定是否受理；4. 如受理，积极参与仲裁过程，争取合法权益。若未受理，可考虑法院起诉。