如果变频器损坏确实是由于员工操作不当导致的，且这种操作不当构成重大过失，那么员工确实需要承担相应的赔偿责任。但赔偿的范围并不一定是全部损失，具体赔偿金额可能需根据员工过失的程度、公司的损失情况以及双方协商等因素综合确定。这主要依据的是《工资支付暂行规定》的第十六条，该条规定了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
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对于变频器损坏的赔偿责任，处理方式如下：1. 如设备因正常使用故障而损坏，员工无需赔偿；2. 若因员工轻微过失导致损坏，公司可考虑减轻或免除其赔偿责任；3. 若因员工故意或重大过失导致损坏，员工应按过错程度赔偿，赔偿方式一般从工资中扣除。
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从法律角度，员工应确保自己权益不受侵害的方式有：1. 了解并遵守公司的设备操作规程，避免操作不当；2. 在设备出现故障时，及时报告并配合调查，证明自己无故意或重大过失；3. 如被要求赔偿，应与公司协商确定合理的赔偿金额和方式，并保留相关证据，必要时可寻求法律援助。