工程款被法院冻结了应及早联系申请执行人协商，解决好纠纷，法院才能将相关款项解冻。建设单位向人民法院提供情况和资料应当完整，既要讲清楚合同约定情况，也要讲清楚前述这些可能影响债权、债务金额的情况；在一个既有到期债权又有未到期债权的复合债权中，人民法院只能冻结到期债权的那一部分，当到期债权金额尚未确定的情况下，人民法院原则上是不能冻结的。
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工程若没有结算，你们要及时发函件要求对方结算，若不结算，你们要保留好建筑工程合同及相关工程签证、会议纪要等能证明施工关系及工程量及工程价款及工程竣工的相关证据，及时起诉对方。
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对于以各种方法拖欠工程款的行为，建议申请诉前财产保全。